La struttura organizzativa della Banca Centrale, in coerenza al ruolo istituzionale definito dallo Statuto, è basata su tre livelli di unità organizzative: dipartimenti, servizi e uffici.

La Banca Centrale della Repubblica di San Marino collabora con numerosi organismi di cooperazione internazionale in campo economico e finanziario, svolgendo un ruolo di supporto al Governo di San Marino e di rappresentanza della Repubblica sammarinese.

La Banca Centrale, si avvale della collaborazione con altre istituzioni sammarinesi ed estere, per lo sviluppo di iniziative formative.