Il Sistema dei Pagamenti, gestito dalla Banca Centrale, consente la canalizzazione degli strumenti di pagamento quali i bonifici nazionali, gli addebiti diretti della Pubblica Amministrazione allargata, nonché gli assegni domestici, gli incassi e pagamenti della Tesoreria di Stato e gli incassi dell'Esattoria di Stato, nell'ambito del servizio di scambio dei recapiti giornalieri.
La comunicazione interbancaria è garantita dall'utilizzo della Rete Interbancaria Sammarinese (RIS), alla quale aderiscono tutte le banche. La RIS è una rete telematica, garantita da particolari sistemi di sicurezza, conformi a idonee tecniche di certificazione, avente la funzione di consentire lo scambio di dati elettronici fra gli utenti della stessa, effettuato nel rispetto di adeguati standard di sicurezza, riservatezza, integrità, autenticità, tempestività, affidabilità ed efficienza.
Il regolamento degli strumenti di pagamento avviene su specifici conti interbancari ai sensi di quanto disciplinato dalla normativa vigente. Le banche sammarinesi intrattengono specifici conti accentrati presso la Banca Centrale per il regolamento delle operazioni interbancarie.
Il sistema bancario sammarinese adotta lo standard IBAN (International Bank Account Number) e tutte le banche sammarinesi hanno il codice identificativo BIC (Bank Identifier Code) attribuito dalla Swift (Society for Worldwide Interbank Financial Telecommunication).