Il Fondo è un patrimonio avente unautonoma destinazione, ossia vanta autonomia patrimoniale perfetta rispetto alla Banca Centrale e garantisce, nei limiti dei propri attivi, con possibilità di ricorso a contribuzioni straordinarie o a finanziamenti esterni, i depositanti in caso di liquidazione coatta amministrativa delle banche aderenti (c.d. paybox).
Il Fondo può inoltre intervenire in tutela dei depositanti, anche in via straordinaria, con altre modalità, rivolte direttamente o indirettamente nei confronti della banca depositaria, al fine di:
a) favorire il buon esito della procedura di amministrazione straordinaria;
b) semplificare la procedura di risoluzione, rendendo possibile la rimozione del dissesto;
c) accelerare i tempi di conclusione della liquidazione coatta amministrativa.
Tali interventi straordinari possono essere adottati qualora siano ritenuti conformi al principio del minor onere rispetto alleventualità di un rimborso diretto dei depositanti nei casi di liquidazione coatta amministrativa.