La struttura organizzativa della Banca Centrale, in coerenza al ruolo istituzionale definito dallo Statuto, è basata su 3 distinti livelli di unità organizzative: Dipartimenti, Servizi e Uffici.

I Dipartimenti, quali aggregazioni di Servizi, costituiscono le unità operative responsabili delle principali funzioni statutarie (Vigilanza, Tesoreria, Esattoria e Sistema dei pagamenti) o, nel caso del Dipartimento Risorse interne, di funzioni di supporto operativo (Affari generali, Finanza, Risorse umane, Organizzazione e Logistica). In limitati casi i Servizi sono ulteriormente articolati in Uffici, per differenziare opportunamente attività tra loro eterogenee. Il Servizio Internal auditing, per il tipo di ruolo svolto e i principi di indipendenza cui deve ispirarsi, è stato posto al di fuori delle ordinare linee gerarchiche e in staff diretto alla Direzione Generale